Muslimani su se u Hrvatskoj politički počeli organizirati već 1990. godine. Te je godine u Zagrebu osnovan ogranak stranke Stranke demokratske akcije (SDA). Ogranci su osnovani ubrzo i u Labinu, Rijeci, Osijeku, Dubrovniku, Zadru i nekim drugim hrvatskim gradovima.
Usporedno sa SDA nastaju i druge muslimanske stranke poput Demokratske zajednice Muslimana Hrvatske u Osijeku i Muslimanske demokratske stranke u Zagrebu. Uz ove stranke formirane su i Bosanska demokratska stranka u Zagrebu i Muslimanska bošnjačka stranka u Splitu.
Muslimani su se odmah nakon prvih napada na Bosnu i Hercegovinu počeli humanitarno organizirati. Naime, prema riječima Šemse Tankovića i pisanju muftije Ševka Omerbašića, odmah nakon prvih napada već 8. travnja 1992. godine formiran je u Zagrebu Krizni stožer Hrvatske koji je bio registriran kod Hrvatskog centra za obranu. Krizni je stožer veliku pomoć dao pružanjem materijalne i financijske pomoći koje su pružene osobito 108. brigadi iz Slavonskog Broda i 153. brigadi iz Velike Gorice, potom 4. bojni iz Orašja, derventskoj brigadi, jedinici Berbir koja se borila na posavskom ratištu te jedinici Zmaj od Bosne također stacioniranoj na posavskom ratištu.
Prema raspoloživim podatcima koje navodi muftija Ševko Omerbašić u svojoj knjizi Islam i muslimani u Hrvatskoj, preko Stožera je tijekom 1992. godine poslano 160.000 tona razne pomoći, hrane, lijekova, medicinske opreme. Samo u 1992. opremljeno je šest poljskih bolnica u Bosni i Hercegovini. Preko Stožera je smješteno oko 4.500 ranjenika i bolesnika, više od 3000 izbjeglica dobilo je putne isprave…
Zagrebačka je džamija tijekom agresije na Bosnu i Hercegovinu sama zbrinula oko 200.000 izbjeglica.
Odlomak iz knjige Bošnjaci u Domovinskom ratu Filipa Škiljana.
